首先地温要在5～35℃内施用，低于5℃菌种无法发酵繁殖，高于35℃菌种会被烧死。有机菌肥尽量单独施用，不能和大化肥(氮、磷、钾)混和施用。果农为图方便常和大化肥一起施用，在两棵树中间挖二十厘米深、宽25厘米的沟，先把菌肥撒入沟内，再撒大化肥然后填土，这和混施并没有区别，大化肥杀死了菌种。
    正确的施肥方法应采用放射性沟施，挖30厘米宽、25～35厘米深的沟，先施入大化肥，填一层10厘米左右的土，再施菌肥。这层隔离带降低了大化肥水溶下渗后杀死菌种的机会。